Immunoprecipitation, CoIP, and ChIP-seq

L'immunoprécipitation (IP) est l'une des techniques les plus couramment utilisées pour isoler des protéines et d'autres biomolécules à partir de mélanges complexes. Elle exploite la grande spécificité des immunoglobulines ainsi que leur forte affinité pour des cibles antigéniques spécifiques.

Une technique incontournable, hier, aujourd'hui et demain

Les techniques d'IP sont fréquemment utilisées pour isoler une protéine cible principale associée à d'autres macromolécules (Co-IP), étudier des complexes protéine-ADN (ChIP), enrichir du matériel génétique présentant des modifications spécifiques, notamment l'ADN méthylé par immunoprécipitation de l'ADN méthylé (MeDIP), isoler l'ARN (RNA-IP, RIP) ou analyser des complexes protéiques présentant des modifications post-traductionnelles spécifiques.

ChIP : identification des interactions ADN-protéine

Extension de la Co-IP, la

Les progrès réalisés dans les techniques génétiques et protéomiques ont considérablement étendu les possibilités d'application de la ChIP. L'association de la ChIP avec la technologie des puces à ADN (ChIP-chip) ou avec le séquençage de nouvelle génération (

Quelle que soit la complexité de la méthode utilisée, l'immunoprécipitation reste une technique fondamentale de la recherche en protéomique. Au cœur de l'IP se trouve un immunoréactif, qu'il s'agisse d'un anticorps ou d'un réactif alternatif comparable. Les méthodes dérivées de l'IP comptent parmi les applications les plus exigeantes techniquement pour les anticorps, car elles nécessitent à la fois une forte affinité pour la cible et un niveau particulièrement élevé de spécificité. Ces exigences peuvent être satisfaites de manière fiable par des anticorps et autres réactifs spécifiquement caractérisés pour les applications basées sur l'IP.

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Déroulement typique d'un protocole ChIP-seq :

1. L'ADN génomique est fragmenté par voie enzymatique ou mécanique après réticulation des protéines liées à l'ADN.
2. Les fragments d'ADN sont ensuite co-immunoprécipités avec les protéines fixées.
3. Les liaisons croisées sont inversées, puis les fragments d'ADN sont préparés et ligaturés à des adaptateurs de séquençage adaptés à la plateforme NGS utilisée.
4. Après amplification et purification en fonction de leur taille, les fragments d'ADN sont séquencés. Les lectures obtenues sont ensuite alignées sur un génome de référence afin d'identifier les sites de liaison des protéines.

Anticorps populaires pour l'immunoprécipitation