Évolution des méthodes de recherche en épigénétique
Évolution des méthodes de recherche épigénétique : Liste chronologique des applications de recherche de corrélations épigénétiques, basée sur la première mention dans une publication. Cliquez sur une application pour obtenir plus d'informations ainsi que les anticorps, protéines et kits correspondants.
2004 : ChIC
Le ChIC (immunoclivage de la chromatine) consiste à attacher la protéine de fusion pA-MN (protéine A fusionnée à la nucléase micrococale) à des anticorps qui, à leur tour, sont spécifiquement liés à une protéine de la chromatine.
2006 : MNase-seq
MNase-seq, abréviation de digestion par nucléase micrococcale avec séquençage profond, repose sur l'utilisation de l'endo-exonucléase non spécifique micrococcal nuclease, pour lier et cliver les régions d'ADN non liées aux protéines sur la chromatine. L'ADN non coupé est ensuite purifié des protéines et séquencé par une ou plusieurs des diverses méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS).
2007 : ChIP-seq
Le ChIP-séquençage, également appelé ChIP-seq, combine l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) avec le séquençage massivement parallèle de l'ADN pour identifier les sites de liaison des protéines associées à l'ADN. Il peut être utilisé pour cartographier précisément les sites de liaison globaux pour toute protéine d'intérêt.
2010 : FAIRE-seq
FAIRE-Seq est l'acronyme de Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (isolement des éléments régulateurs assisté par le formaldéhyde). Le protocole FAIRE-Seq ne nécessite pas la perméabilisation des cellules ni l'isolement des noyaux, et peut analyser tout type de cellule. Il est suivi d'une fragmentation non dirigée de la chromatine et d'une NGS subséquente.
Évolution des méthodes de recherche épigénétique : Liste chronologique des applications de recherche de corrélations épigénétiques, basée sur la première mention dans une publication. Cliquez sur une application pour obtenir plus d'informations ainsi que les anticorps, protéines et kits correspondants.
2004 : ChIC
Le ChIC (immunoclivage de la chromatine) consiste à attacher la protéine de fusion pA-MN (protéine A fusionnée à la nucléase micrococale) à des anticorps qui, à leur tour, sont spécifiquement liés à une protéine de la chromatine.
2006 : MNase-seq
MNase-seq, abréviation de digestion par nucléase micrococcale avec séquençage profond, repose sur l'utilisation de l'endo-exonucléase non spécifique micrococcal nuclease, pour lier et cliver les régions d'ADN non liées aux protéines sur la chromatine. L'ADN non coupé est ensuite purifié des protéines et séquencé par une ou plusieurs des diverses méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS).
2007 : ChIP-seq
Le ChIP-séquençage, également appelé ChIP-seq, combine l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) avec le séquençage massivement parallèle de l'ADN pour identifier les sites de liaison des protéines associées à l'ADN. Il peut être utilisé pour cartographier précisément les sites de liaison globaux pour toute protéine d'intérêt.
2010 : FAIRE-seq
FAIRE-Seq est l'acronyme de Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (isolement des éléments régulateurs assisté par le formaldéhyde). Le protocole FAIRE-Seq ne nécessite pas la perméabilisation des cellules ni l'isolement des noyaux, et peut analyser tout type de cellule. Il est suivi d'une fragmentation non dirigée de la chromatine et d'une NGS subséquente.
References
- : "ChIC and ChEC; genomic mapping of chromatin proteins." dans: Molecular cell, Vol. 16, Issue 1, pp. 147-57, (2004) (PubMed).
- : "Flexibility and constraint in the nucleosome core landscape of Caenorhabditis elegans chromatin." dans: Genome research, Vol. 16, Issue 12, pp. 1505-16, (2007) (PubMed).
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