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Phosphorylation & l'infection par le SRAS-CoV-2

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) appartient aux virus à ARN positif enveloppés. Le paysage de phosphorylation de l'infection par le SRAS-CoV-2 présenté ici est une étape vers une compréhension plus approfondie de la relation virus-hôte et du développement de vaccins.1

Au cours d'une infection par le COVID-19, les deux, protéines de l'hôte et protéines virales, subissent des changements majeurs de phosphorylation. Le virus tente de modifier les activités des kinases, par exemple, afin d'influencer la signalisation cellulaire à son avantage. La carte de gauche est basée sur la carte d'interaction protéine-protéine virus-hôte du SRAS-CoV-2 de Gordon et al.2 et montre 40 protéines humaines qui sont significativement phosphorylées de manière différentielle au cours de l'infection à au moins deux points de temps. Les protéines virales sont représentées par des diamants verts. Les protéines humaines interagissant sont représentées par des cercles gris ou respectivement gris foncé . Les PH émanent des protéines humaines, colorées par le changement par rapport aux échantillons témoins non infectés (rouge, augmentation ; bleu, diminution) à chaque point temporel (0, 2, 4, 8, 12 et 24 h après l'infection) dans le sens horaire.

La protéine N du SRAS-CoV-2 est connue pour interagir avec plusieurs protéines de traitement de l'ARN. protéines de traitement de l'ARN qui sont phosphorylées de manière différentielle. pendant l'infection, notamment LARP1 et RRP9. Ici, la phosphorylation de LARP1 diminue sur plusieurs sites, ce qui est connu pour augmenter l'affinité de LARP1 pour les régions 3' non traduites (UTR) des ARNm. (UTRs) des ARNm codant pour les protéines ribosomales, entraînant l'inhibition de la synthèse des protéines humaines. l'inhibition de la synthèse des protéines humaines.3 En outre, Nsp8 interagit avec LARP7 et MEPCE qui sont des régulateurs importants de l'élongation de la transcription médiée par l'ARN polymérase II en tant que partie du complexe de petites particules ribonucléoprotéiques nucléaires (snRNP) 7SK. Leur phosphorylation peut influencer le facteur positif d'élongation de la transcription b (PTEFb [CDK9]) et la régulation transcriptionnelle du virus.4

10 des 40 protéines en interaction sont des kinases, une diminution de l'activité pour MARK2 et PRKACA ont été observées tandis que CK2 présente une activité accrue. Les changements dans l'activité kinase offrent un aperçu de la biologie de l'infection virale et des points d'attaque possibles pour combattre une infection. Par conséquent, les kinases sont prédestinées à être des cibles médicamenteuses et la poursuite des recherches pourrait conduire au développement de nouvelles thérapeutiques pertinentes pour les futures pandémies virales.

Protéines structurelles du SRAS-CoV-2 : SARS-CoV-2 Spike Protein, SARS-CoV-2 N Protein, SARS-CoV-2 E Protein, SARS-CoV-2 M Protein,

Toutes les protéines non structurelles du SRAS-CoV-2: Protéines non structurelles du SRAS-CoV-2

.

Anticorps anti-SARS-CoV-2: anticorps anti-SARS-CoV-2

References:

  1.  Bouhaddou et al.The Global Phosphorylation Landscape of SARS-CoV-2 Infection, Cell (2020), doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.034
  2. David E. Gordon, Gwendolyn M. Jang, Mehdi Bouhaddou, Jiewei Xu, Kirsten Obernier, Matthew J. O’Meara, Jeffrey Z. Guo, Danielle L. Swaney, Tia A. Tummino, Ruth Huettenhain, Robyn M. Kaake, Alicia L. Richards, Beril Tutuncuoglu, Helene Foussard, Jyoti Batra, N. J. K. A SARS-CoV-2-Human Protein-Protein Interaction Map Reveals Drug Targets and Potential Drug Repurposing. Nature. (2020).
  3. Hong, S., Freeberg, M.A., Han, T., Kamath, A., Yao, Y., Fukuda, T., Suzuki, T., Kim, J.K., and Inoki, K. . LARP1 functions as a molecular switch for mTORC1-mediated translation of an essential class of mRNAs. (2017) eLife 6, e25237.
  4. Mbonye, U.R., Wang, B., Gokulrangan, G., Chance, M.R., and Karn, J. . Phosphorylation of HEXIM1 at Tyr271 and Tyr274 Promotes Release of PTEFb from the 7SK snRNP Complex and Enhances Proviral HIV Gene Expression. Proteomics 15, 2078–2086. (2015)

SARS-CoV-2 Virus-Human Interacting Proteins

LARP1 (La Ribonucleoprotein Domain Family, Member 1):

MARK2 - MAP/microtubule Affinity-Regulating Kinase 2:

PRKAR2A - Protein Kinase, CAMP-Dependent, Regulatory, Type II, alpha:

PRKAR2B (Protein Kinase, CAMP-Dependent, Regulatory, Type II, beta):

RRP9 - Ribosomal RNA Processing 9, Small Subunit (SSU) Processome Component, Homolog (Yeast):

ATP13A3 (ATPase Type 13A3):

CCL11 (Chemokine (C-C Motif) Ligand 11):

CIT (Citron (Rho-Interacting, serine/threonine Kinase 21)):

LARP4B (La Ribonucleoprotein Domain Family, Member 4B):

MPHOSPH10 - M-Phase phosphoprotein 10 (U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein):

MAP7D1 (MAP7 Domain Containing 1):

MIB1 - Mindbomb E3 Ubiquitin Protein Ligase 1:

MYCBP2 (MYC Binding Protein 2):

PLEKHA5 (Pleckstrin Homology Domain Containing, Family A Member 5):

SUN2 (Sad1 and UNC84 Domain Containing 2):

UBAP2L (Ubiquitin Associated Protein 2-Like):

ZC3H18 (Zinc Finger CCCH-Type Containing 18):

ZDHHC5 (Zinc Finger, DHHC-Type Containing 5):

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